Gunnar Hökmark har lyckats få till stånd en ny kostnadsmodell som också gagnar sådana deltagare som inte har möjlighet att identifiera sina direkta kostnader och därför inte kan välja att begära ersättning för indirekta kostnader på grundval av sina faktiska kostnader. Den grundläggande utgångspunkten i det nya förslaget är dock att deltagarna ska bokföra sina faktiska kostnader fastställda i enlighet med normala praxis för kostnadsbokföring. När detta däremot inte är möjligt kan offentliga organ, inrättningar för högre utbildning och forskningsorganisationer välja ett schablonbelopp (en så kallad flat-rate) som uppgår till 60 procent av de totala direkta stödberättigande kostnaderna. För de anslag som beviljas efter december 2009 kommer schablonbeloppet att uppgå till minst 40 procent av de totala direkta stödberättigande kostnaderna. Den nya kostnadsmodellen erbjuder därmed ersättningsnivåer som ger en lämpligare täckning av deltagarnas indirekta kostnader. Systemet underlättar för universitet samt små och medelstora företag att aktivt ansöka om ekonomsikt stöd för att bedriva forskningsverksamhet.
Gunnar Hökmark har också strävat efter att ge forskningsprojektets koordinator en förstärkt roll för att ge varje enskilt konsortium utrymme att bedriva sin verksamhet fri från onödig inblandning från kommissionen och betungande byråkrati. Enbart en intern deltagare i ett forskningsprojekt kan utses till koordinator. Denne ska övervaka så att deltagarna i den indirekta åtgärden fullgör sina åtaganden. Koordinatorn ska vara en fungerande mellanhand och en effektiv kommunikationslänk mellan de övriga deltagarna och kommissionen. En annan uppgift är att hålla ordning på kostnadsfördelningen och bokföringen över gemenskapens ekonomiska bidrag.
Den nya texten klargör vidare att varje projekt inleds med att ett konsortialavtal sluts mellan samtliga deltagare i projektet. För att förtydliga innebörden av ett sådant avtal har Gunnar Hökmark försökt få till stånd tydlig definition vad som faller inom ramen för detta avtal. Inom konsortiet regleras följaktligen de interna organisationerna, tilldelningen av gemenskapens ekonomiska bidrag, nyttjanderätt, ägande, överföring, spridning och utnyttjande av resultaten. Kommissionen kommer att publicera riktlinjer för att underlätta för de enskilda konsortierna att utforma sina interna strukturer. Riktlinjerna kommer dessutom att främja små och medelstora företags deltagande.
Slutligen har de artiklar som rör överföring av äganderätt och nyttjanderätt till förgrundsinformation fått ett förtydligande. Begreppet närstående rättssubjekt – affiliated entity definieras som följer: ”any legal entity that is under the direct or indirect control of a participant, or under the same direct or indirect control as the participant, holding of more than 50% of the nominal value of the issued share capital in the legal entity concerned, or of a majority of the voting rights of the shareholders or associates of that entity;”
Texten möjliggör för parter (närstående rättssubjekt) som är etablerade i länder som inte är medlemsstater eller associerade länder att få tillgång till förgrundsinformation. Där det anses vara nödvändigt får deltagarna emellertid skriftligen komma överens om att kommissionen ska informeras i förväg vid överföring av ägandeskap till en särskilt identifierad tredje part.