En av de återkommande frågorna i denna hearing var frågan om hur universitet och forskningsinstitut ska ersättas för sina indirekta kostnader vid olika typer av forskningssamarbete. Gunnar Hökmark har som skuggrapportör och företrädare för EPP-ED gruppen lagt förslag om att denna ersättningsnivå ska vara 60 % om inte full kostnadsredovisning av de indirekta kostnaderna kan genomföras.
Ytterligare en fråga som kom att diskuteras var frågan om rätten till de intellektuella rättigheterna på den kunskap som parterna i ett forskningssamarbete för med sig in i det och vem som ska äga och kontrollera rättigheterna på den kunskap som saknas. Gunnar Hökmark har föreslagit att detta i större grad ska avgöras av parterna själva och mindre genom regelverket.